6月3日，韩国大检察厅称，检察总长林采珍已于当日上午向韩国法务部提交了辞呈。5月23日，韩国前总统卢武铉自杀当天，林采珍就曾提交过辞呈，但法务部长官金庆汉以首先应解决当前的问题为由，驳回辞呈。
林采珍在此次递交辞呈时称，作为调查与卢武铉相关弊案的总指挥，没有能够防止卢武铉自杀的悲剧，他很愧疚，向国民深表歉意。
他还表示：“一直为通过遵守原则和制度，并注意节制和品行的调查，以及不受政治因素影响的公正调查，赢得国民的信任而努力，但还远远不够。此次事件令我十分苦恼，我已无法维持正常心态，很难继续指挥检察机关。”
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